強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養了他，並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學，養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。

　　強納森在機場見一隻狗被主人遺棄，便將牠帶往學校，但因學校禁止養狗，在室友的建議下將小狗養在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產業。眾人無奈離去，但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師，遂答應照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。

　　由於寄宿學生與當地的學生常發生摩擦，在舉行聖誕音樂合唱之前，保管樂譜的塞巴修被當地學生關到一間地下室並放火燒了樂譜。馬丁、尤里、馬斯及強納森立刻呼朋引伴前去救人，雙方約定挑一人單打，結果馬斯勝了，但對方仍不放人，雙方展開一場雪球大戰。強納森利用雙方混戰之際救出了塞巴斯，眾人急急趕到教堂時，正好趕上了大合唱。

　　波克本來很生氣，但在聽了強納森的敘述後反而說了一段往事。謂學校以前有兩位要好的同學，叫羅勃的因母親重病而荒廢了練唱，遂被學校罰勞役，卻由另一位同學代勞，沒想到後來羅勃偷跑至西德探望父親，害得另一位被退學，而此人正是波克。

　　波克答應儘量不讓強納森退學，也希望同學們能自行排練一齣戲以便在聖誕節前夕演出。強納森在拖車內找到一些繞舌歌詞，於是決定以詞曲上的名字「飛行教室」作為主題訴求，但沒想到波克聽到後竟憤怒地禁止他們演出。強納森激動得踢翻舞台上的道具，結果引起一場火災，幸好不是很嚴重。當強納森道出眾人心聲時，波克也說出他與羅勃的過去往事，只是現在不知羅勃身在何處。眾人已知羅勃即是巴布，遂帶波克前去見羅勃，兩名重逢的老友緊緊相互擁抱。

　　眾人知波克可能會被解僱，於是利用合唱之後演出了舞台歌舞劇，不但感動了校長，而學醫的羅勃也答應留在學校擔任校醫。