Het is het jaar 2030. Zes maanden zijn verstreken sinds het Laughing Man Incident werd opgelost. Er leven ongeveer 3 miljoen vluchtelingen in Japan, uitgenodigd om het tekort aan arbeidskrachten op te vullen. De opkomende aanwezigheid van de uitgenodigde vluchtelingen intensiveerde echter hun confrontatie met de 'individualisten', die opriepen tot nationaal isolement, wat vervolgens leidde tot een toename van het aantal terroristische aanslagen. Onder deze omstandigheden voert een terroristische groepering genaamd de Individual Eleven een zelfmoordaanslag uit. Maar er zat een groter plan achter hun actie. Wanneer Sectie 9 dit verneemt, proberen ze het brein van het incident te achterhalen. Ondertussen wordt Kuze, een overlevend lid van de Individual Eleven, een charismatische leider van de uitgenodigde vluchtelingen en intensiveert hij de confrontatie met de regering. En Motoko begint een vreemd gevoel te krijgen dat haar met Kuze verbindt...