这次的故事背景世界观完全和第八季动画一致。故事发生在充满了音乐的城市加音町，从小就在这座城市长大的北条响、南野奏是一对青梅竹马，长大后性格完全不合的两人，为了一颗正义之心惩恶扬善而再次走到了一起，变身为强大的音乐战士与恶势力坚决做斗争。

Music is disappearing from Majorland. Rumors say that the one who's deleting the music is actually Aphrodite-sama. If that's the case, the Melody of the heart, the exploding Rhythm and the beating Beat will also disappear.

Nachdem der König gerettet wurde, will er mit seiner Tochter nach Major Land zurückkehren. Plötzlich verschwindet die Musik auf der Erde. Die Precure reisen mit dem König nach Major Land, wo sie auf einen unerwarteten Gegner treffen, gegen den sie all ihre Kräfte aufbringen müssen.

父であるメフィストが善の心を取り戻し、アコはキュアミューズの役目も終わったとして父と共にメイジャーランドへ帰ることになった。その時、突然街にハウリング音が鳴り響き、街から音楽が消えてしまう事件が発生する。メイジャーランドに連絡を取ろうとするも、何故か反応が無い。

心配に思った響達はメイジャーランドに向かうが、いつも音楽で満ち溢れていたかつての面影は無く、音楽が消え世界は荒れ果て、人々は石のように無表情となり、音の鳴らない楽器を弾き続けたままだった。唯一動いていたアコの友達のスズは、このようになったのはアフロディテが突如変貌し、音楽を奪ってしまったからだと言う。真相を確かめるべく、アコとメフィストはアフロディテのいる城へ向かうが…。

잠자던 미나미노 카나데(주아윤)에게 갑작스럽게 메이저랜드의 국왕 '메피스토'가 찾아온다. 시라베 아코(안소희)의 아버지인 메피스토는 메이저랜드의 공주인 아코가 곧 인간계를 떠날 것이라고 이야기한다. 이를 들은 프리큐어 일행은 아코와의 이별을 준비하고 서로 훈훈하게 인사하며 헤어지려는 순간, 갑자기 노이즈가 들이닥친다. 노이즈로 인해 마을에 흐르던 아름다운 선율이 사라지고 정적만이 남는데.....................

Num belo dia na cidade de Kanon, Mephisto aparece depois de ter se recuperado do ruído do mal para poder levar sua filha Ako de volta para Major Land. Quando de repente um terrível som ecoa pela cidade, um som vindo da Major Land que fez toda a música desaparecer. Cabe mais uma vez as lendárias guerreiras Pretty Cure lutarem para reaverem a música com a força de sua harmonia!

Zaferin ardından Ako ve Mephisto birlikte Büyük Topraklara dönmeye karar verdiler. Aniden şehirde büyük bir gürültü yankılandı ve ses kesildiğinde tüm müzik iz bırakmadan kayboldu. Ako ve Mephisto, Büyük Dünya ile bağlantı kurmaya çalıştı ancak bir yanıt alamadı. Endişelenen Hibiki ve diğer kızlar, daha önce müzikle dolup taşan Büyük Topraklara doğru yola çıktılar. Dünya, ses olmadan boştu. Taş gibi duygulardan yoksun halk, sessiz çalgılarını çalmaya devam etti. Sadece Ako'nun arkadaşı Suzu, Afrodit'in aniden değiştiğini ve tüm müziği aldığını açıkladı. Buna inanmayan ve gerçeği öğrenmeye kararlı olan Ako ve Mephisto, Afrodit'in sarayına doğru yola çıkarlar. Hibiki, Kanade ve Ellen, Ako'nun hikayesine inanmayı reddetmesinin ardından kaçan Suzu'nun peşine düşmeye karar verdi. Kızlar, Suzu'yu kovalarken Şifa Sandığını çalmak isteyen üç adamla karşılaştı.

Yavaş yavaş gerçek gün yüzüne çıkar ve Purikyuas gerçek bir düşmanla karşı karşıya kalır.