距離超人力霸王迪卡消滅邪神卡達諾佐亞並消失已經過去了兩年（2012年），此刻大梧即將與麗奈走向婚姻的殿堂。

而這時急於補充戰鬥力的地球和平聯合組織（TPC） 內部中，和平派和主戰派之間的矛盾越來越明顯。並利用迪卡之地殘留下的兩位石像及熊本市發現的超古代巨人石像[6]的碎片，好研究超人力霸王戰士的力量並由人類使用，打擊一切外來的侵略者。

因而派遣探查小組前往位於南太平洋的遠古遺跡「拉萊耶」進行研究，但他們在遺蹟中發現的卻是毀滅的超古代城市，以及三千萬年前被迪卡擊敗的三名黑暗巨人。

而甦醒的黑暗巨人，殺死了除入麻隊長以外的全部探查隊成員，並放出了大量的佐加鳥，試圖將全世界推向滅亡的末日處境，並將大梧、麗奈等人作為他們的目標……。