フリーライターの長岡修が自宅で後頭部を殴打され殺害された。現場には、ある動画ファイルが収録されたメモリーカードが残っていた。刑事・草薙俊平（北村一輝）、牧村朋佳（新木優子）らの捜査により、長岡は茨城県・光原市で計画中の科学技術に関する公共事業の反対派だったことが判明。長岡が残した動画に突然倉庫の壁に穴が開いた奇妙な現象が映っているのを見た草薙は、部下の牧村朋佳（新木優子）を連れ、帝都大学の准教授・湯川学（福山雅治）のもとを訪ねる。その動画を見た湯川は思い詰めた表情に変わるが・・・。