現代の40年前の世界。ハテノの森を訪れた少年・ユキナリは、森の中でハンターに追われていたポケモンに出会う。そのポケモンは「セレビィ」といい、時を超える力を持つと言われるポケモンだった。セレビィをハンターから守ろうとしたユキナリは、セレビィの力でセレビィと共に40年後の未来へタイムスリップしてしまう。 現代。旅の途中でハテノの森を訪れたサトシ一行は、セレビィが時を越える際に起こる「森の声」という現象に遭遇。程なくサトシ達は祠の前に倒れているユキナリを発見。ハテノ村の長老トワ達に介抱されたユキナリはセレビィがいないことに気付き、サトシ達と共にセレビィを探しに向かう。傷だらけのセレビィを見つけたサトシ達はトワの下へ戻ろうとするが、そこへセレビィを追っていたロケット団幹部・ビシャスが現れ、セレビィを捕えようと襲い掛かって来た。ユキナリとの連携でビシャスのポケモンを撃退し、何とか逃げおおせたサトシ達は、生き物の傷を癒す不思議な力を持つ湖にたどり着き、そこで一夜を明かす事にする。