S-1星は放射能に汚染され、地上では生活のできない星と化していた。軍部を牛耳るガットラーは、居住可能な惑星を侵略し移民してしまおうとクーデターを起こす。父をガットラーに殺された青年マリンは、亜空間戦闘機パルサバーンでガットラーに戦いを挑むが、船団のワープに巻き込まれ、西暦2100年の地球へと飛ばされてしまう。その地球は、まさにガットラーの理想とする惑星だった。侵略の魔の手より美しい地球を守るため、マリンはブルーフィクサーの主力メカ・バルディオスで戦いを挑む。マリンに弟を殺され、復讐心を燃やし、戦い続ける女性アフロディアとマリンとのエピソードを中心にテレビシリーズで描ききれなっかた部分を再構成した劇場長編版。