国際諜報組織SMLの女性エージェント“お色気”は、秘密結社“ブタのヒヅメ”の空中要塞から新兵器の重要パーツを盗み出した。要塞から脱出した彼女は東京湾に着水、近くを通りがかった屋形船へと逃れた。折りしもその船では、しんのすけたちふたば幼稚園の一行が遠足の真っ最中。しんのすけと仲間たちは“お色気”もろとも空中要塞に捕まってしまう。一方、野原家のもとに、SMLのエージェント“筋肉”が現われる。