아일랜드의 아름다운 물개의 섬, 론 이니쉬에서 살고 있던 커넬리 가족이 섬을 버리고 도시로 이사를 한다. 그날, 갓 태어난 막내 아들 제이미가 요람에 탄 채 바다로 떠내려간다. 몇 해가 흘러, 시골의 할머니, 할아버지 곁으로 돌아온 제이미의 누나 피오나는 물개에 대한 전설을 듣는다. 옛날 그 섬에는 반은 물개, 반은 여자인 셀키가 살고 있었다. 셀키는 가끔 일광욕을 하기 위해 물개의 가죽을 벗고 여자로 돌아오는데, 그 가죽을 감추면 아름다운 셀키와 결혼을 할 수 있다. 피오나의 옛 조상 중 리암이라는 청년이 어느 날, 전설 속의 셀키를 발견하곤 그녀의 물개 가죽을 숨긴다. 물개 여인 눌라와 리암은 여러 명의 아이들을 낳고 행복하게 살아간다. 눌라는 바다를 잊지 못해 슬픈 눈으로 바닷가에 오래도록 앉아 있고는 했다. 어느 날 눌라의 딸이, 리암이 지붕 위에 숨겨둔 물개 가죽을 발견한다. 물개 가죽을 되찾은 셀키는 물개로 되돌아가 멀리 바다에서 아이들을 바라보며 사는데...

전설을 듣고 난 피오나는, 가족들이 섬을 버리고 떠나자 화가 난 물개들이 제이미를 데려간 것이라고 믿게 된다. 혼자 론이니쉬 섬을 들러본 피오나는 버려진 옛집에서 누군가 지낸 흔적을 발견한다. 하지만 아무도 그녀의 말을 믿지 않는다. 또 다시 몰래 론이니쉬 섬을 탐험하던 피오나는 마침내 어느 날 물개들과 놀고 있는 제이미를 발견한다. 폭풍이 몹시 불던 날, 피오나는 할머니에게 제이미의 얘기를 털어놓는다. 할머니는 즉시 할아버지와 피오나를 데리고 론이니쉬 섬으로 간다. 그러나 추위에 떨며 바닷가에 있던 제이미는 그들을 보자 바다로 도망치려 하는데...