Ikari Shinji egy átlagos, 14 éves fiúnak mondhatta magát egészen addig, amíg meghívást nem kapott, hogy utazzon el a Tokyo 3-ban lévő NERV központba. Meg is tette a hosszú távot, hogy újra láthassa édesapját, aki annak a központnak a parancsnoka. De megérkezése nem zajlik zökkenőmentesen. Megpillant egy hatalmas lényt, melyet Angyalnak hívnak. Itt találkozik Misatóval, egy csinos hölggyel, aki elviszi őt a központba. Mint utóbb kiderül, az apja csak azért hívatta, hogy egy óriásrobotot vezessen, melyet Evangelion-nak hívnak. Mint később kiderül, még egy Eva létezik. Ezek a szerkezetek az egyetlenek, amik felvehetik az Angyalok ellen a harcot. Irányítani csak 14 éves gyerekek tudják, mert csak ők tudnak összehangolódni az Eva-kkal. Shinji eleinte nem akarja elvállalni, de amint meglátja, hogy apja képes egy sérült lányt a neki szánt Evangelion-ba ültetni, meggondolja magát és kezébe veszi a sorsát.