Kylmän sodan aikaisen venäläisen sukellusveneen päällikkö Demi (Ed Harris) kärsii kohtauksista, jotka muutavat hänen käsityksiään todellisuudesta. Hän joutuu jättämään vaimonsa ja tyttärensä ja joutuu salaiselle pikakomennukselle, jossa hän joutuu kohtaamaan menneisyytensä salaisuudet sekä saa vastaansa salaisen KGB:n ryhmän, joka yrittää saada haltuunsa sukellusveneessä olevat ydinaseet. Ihmiskunnan kohtalon ollessa hänen käsissään Demi saa tietää, että hänet on valittu tehtävään, koska hänen oletetaan epäonnistuvan siinä. Phantom on jännittävä vedenalainen tarina epätavallisista miehistä, jotka joutuvat kohtaamaan mahdottomalta tuntuvat haasteet.