The Berlin File desenrola-se em Berlim e acompanha um agente (Jung Woo-ha) da Coreia do Norte, que se infiltra numa organização da Coreia do Sul, mas é traído e abandonado pelo seu país, após ter sido descoberto. Com a ajuda da esposa (Ji-hyun Jeon), uma tradutora na embaixada da Coreia do Norte em Berlim, Pyo Jong-sung procura escapar dos agentes da Coreia do Norte e da Coreia do Sul que são designados para elimina-lo.