經過短暫的和平後，貴族主義在宇宙殖民地的政治界和商界中抬頭，當中羅那家族更組成一支私立軍隊「骷髏尖兵」。地球聯邦軍一直對宇宙民居採取觀察態度，並沒有加以理會。U.C.0123年，骷髏尖兵部隊突襲Side 4各宇宙殖民地，與地球聯邦軍部隊交戰。地球聯邦軍的機動戰士的性能不及骷髏尖兵的機動戰士，戰爭處於一面倒的狀態。宇宙殖民地FRONTIER IV的某間大學內正在進行選美比賽，正當裁判宣布謝西莉勝出時，一架被毀的機動戰士掉下來，會場頓時陷入恐慌。主角西布克和他的朋友集合後前往戰爭博物館避難，但他們眼見地球聯邦軍節節敗退，於是決定駕駛的半毀的舊式機動戰士，想逃往24號港口乘搭難民船……。