Als Dr. Eggman den Präsidenten und dessen Tochter als Geiseln gefangen hält, ist Sonic gezwungen, den Befehlen des üblen Wissenschaftlers Folge zu leisten – und so macht er sich auf den Weg Richtung Eggmanland. Dort hat er die Aufgabe, den Generator der Stadt zu deaktivieren und Black Eggman aufzuhalten. Doch es ist Sonic nicht bewusst, dass er sich bereits in einer Falle befindet, die als Folge die böse Kreatur Hyper Metal Sonic zum Leben erweckt. Jener Feind ist ein von Dr. Eggman konstruierter Gegenpart, der die Zerstörung von Sonic als Ziel hat.

Sonic's arch nemesis Dr. Robotnik has been banished from the Land of Darkness by an evil Metal Robotnik. The devious doctor tells Sonic that the Robot Generator has been sabotaged and will blow Planet Freedom to kingdom come. But it's not until the President's beautiful daughter Sara turns on the charm that Sonic springs into action.

Le cadre de ce film est le monde de Planet Freedom, divisé en deux domaines distincts: Le Pays du Ciel et le Pays des Ténèbres. Le Pays du Ciel consiste en un nombre de 27 continents qui dérivent haut dans la stratosphère de la planète. Chacun de ces continents est connecté à une formation glaciaire massive qui sert aussi à les ancrer à la surface de la planète en dessous. Le Pays des Ténèbres est en fait la surface de Planet Freedom, une nature sauvage post-apocalyptique dont le seul habitant vivant est Robotnik. On ne peut accéder au Pays des Ténèbres que de deux façons: par un «portail» en forme de tourbillon dans le Pays du Ciel, ou par une zone de distorsion, un lien extra-dimensionnel entre deux points sur Planet Freedom.

Quando o Dr. Eggman mantém o presidente e sua filha como refém, Sonic deve cumprir a demanda do cientista do mal de ir para Eggmanland para parar Black Eggman e desativar o gerador da cidade antes que ele atinja a massa crítica. Mal sabe o Sonic que é uma armadilha para ativar o "Hyper Metal Sonic", um robô construído por Eggman para destruir o nosso herói.

Хитрый Доктор Эггман, заклятый враг Соника, задумал взрыв Планеты Свободы. Чтобы его предотвратить, нужно отключить генератор в Землях Тьмы. Для этого туда отправились Соник и его напарник Тейлс. Но они не знали, что их там на самом деле ждёт...

El archienemigo de Sonic, el Dr. Robotnik, ha sido desterrado de la Tierra de las Tinieblas por un malvado Robotnik de Metal. El taimado doctor le dice a Sonic que el generador robot ha sido saboteado y que hará volar el Planeta Libertad por los aires. Pero no es hasta que Sara, la bella hija del presidente, se muestra encantadora cuando Sonic entra en acción.