In een futuristische versie van het middeleeuwse Japan vecht een groep zwaardvechters tegen een kwaadaardige krijgsheer en zijn mechanische leger van ninja's, en worden ze bijgestaan ​​door een mysterieuze heroïsche cyborg-ninja, Shiranui.

In a futuristic version of medieval Japan, a band of swordsmen battles an evil warlord and his mechanical army of ninjas, and are aided by a mysterious heroic cyborg ninja, Shiranui.

サイボーグ忍者・機忍を組織した黒鷺軍機甲師団の侵略によって劣勢を強いられてきた諏訪部軍は、起動砲をもって反撃に転じようとしていた。その最中、諏訪部家の姫・サキ姫が誘拐されてしまう。

Em um futuro distante, o Exército Mecânico do Soberano das Trevas está atacando o Clã Suwabeh, com o intuito de sequestrar a Princesa Saki. No calor da batalha, vários homens morrem e o corpo de um deles é levado pelo vilão Raimei que apaga a sua memória e o transforma em Mirai Ninja (Shiranui). Quando as memórias de Shiranui estão começando a vir à tona, ele decide deter o plano de Raimei, que é o de derramar o sangue da Princesa Saki para trazer o Soberano das Trevas de volta à vida.