Robotech Shadow Chronicles, si colloca esattamente dopo che la spedizione Robotech in the Sentinel, capeggiata dal generale Rick Hunter, parte per lo spazio. Nell' anno 2044, gli Invid hanno ormai conquistato la Terra e la spedizione Robotech è tornata per la battaglia finale, nel tentativo di riconquistare il loro pianeta. Alcune cosucce non quadrano con la serie tv che molti avranno visto. Mancano inspiegabilmente, Annie, Rook, Lancer, Lunk e Rand, non viene fatto accenno al concerto finale e l'irruzione nel nucleo di Raegis è come se non fosse mai avvenuta.