某日，一位名叫「檸檬」的謎樣少女出現在小新面前，她帶來了動感超人的訊息要給小新，內容主要是希望小新能夠加入正義的一方而成為「檸檬」的搭檔，目標是要找到「方舟畢博士」，幫助動感超人奪回遺失的動感能量膠囊。 非常景仰動感超人的小新當然很爽快地接下這項任務，並且開始接受特訓。經過嚴格訓練的小新順利地潛入研究室，但是，博士卻警告他已經落入陷阱…。然而，小新當然不相信動感超人會欺騙他，毅然決然地將膠囊帶走，…沒想到，在這項看似成功的任務背後，將引來一場大災難的降臨！ 到底這項任務隱藏著怎樣的危機？而小新為何又會被選為成正義的使者？