I Elias og Kongeskipet møter vi Elias trygt til kai i Lunvik, men snart får Elias nye utfordringer og farvann å bryne seg på. Kongeskipet er savnet og sammen med marinen blir Elias rekruttert for å løse mysteriet. Oppdraget lar seg ikke løse så lett og Elias blir tatt ut av operasjonen - nedbrutt seiler Elias sin egen sjø, men da alt ser som mørkest ut støter han på et velkjent skip.