서기 2084년. 우주에 이민한 인류와 지구상에 증식한 기계생명체와의 싸움은 기계생명체의 최종병기 이를르뉴가 완성되는 것을 기점으로 더욱 심화되기 시작되었다. 지구에 강하한 인류측의 자율로봇병기 샤이안은 이를르뉴의 파괴에 성공하지만, 고위 클래스의 기계생명체인 엘메다인에 의해 파트너 키트 마츠모토를 잃고 탈출을 단념한 채 지상에 잠들기로 결정한다. 그로부터 1000년 후, 무언가에 반응해 다시 깨어난 샤이안은 이클이라는 이름의 소녀와 만난다. 이클은 현재 요새도시 켈트리아와 브라질 제국이 격전중이라는 것과, 브라질의 지휘관이 샤이안의 숙적인 엘메다인이라는 사실을 알려준다. 샤이안은 원수를 가기위해 이클과 함께 켈트리아의 용병이 된다. 샤이안의 부활을 느낀 엘메다인 역시 자신의 기계생명체 부하들을 되살려 샤이안의 목숨을 노린다.