盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守る