ある夜、八神はやてはトラックとの事故に遭ってしまうが、「闇の書」が起動することによって助かる。そして「守護騎士（ヴォルケンリッター）」と出会い、闇の書の主となる。はやてと触れ合う内、いつしか家族のような絆で結ばれるヴォルケンリッターであったが、闇の書の呪いによりはやての余命があとわずかであることを知った彼女達ははやてを救うため、はやてに禁じられた闇の書の蒐集を開始する。 ロストロギア「ジュエルシード」が発端となったプレシア・テスタロッサ事件から半年後、裁判が終わったフェイトとなのはの再会が果たされた。しかしその夜、ヴォルケンリッターの襲撃にあい敗北し、なのは達はリンカーコアを闇の書に蒐集されてしまう。 この闇の書の起動によって引き起こされる数多くの痛み・悲しみを終わらせるため、そして、大切な主であるはやてを救うため、戦うヴォルケンリッター、真相を知らず彼女達と対立するなのはとフェイトら時空管理局一同。二つの思いがぶつかる中、事件は思いがけない方向へと向かう。はたして、ヴォルケンリッターははやてを救うことができるのか？そして、なのはとフェイト達は闇の書の呪いを断ち切ることができるのか？