Enterprise bola zničená, jej posádka rozprášená do všetkých kútov vesmíru a časť z nej dokonca uvrhnutá do zajatia. Tento veľmi depresívny vývoj príbehu je dôsledkom ambicióznej misie, na ktorú vyslala Federácia Enerprise s cieľom rozšíriť hranice doteraz známeho vesmíru. Hneď za nimi totiž číha hrozba väčšia a mocnejšia než všetky protivenstvá, na ktoré doteraz Kirk a jeho posádka narazili. Aj keď ich prvé stretnutie s Khanom a jeho vyspelými technológiami úplne zdecimuje, budú sa musieť rýchlo spamätať. Ich premožiteľ má totiž zálusk na celú Federáciu, ktorá nemá bez Kirka na prežitie žiadnu šancu.