《圖書館戰爭》改編自二零零六年發行的同名小說，故事圍繞一套全新的世界法則：政府為了糾正人民思想，制定了「媒體良化法」，圖書必須受到良化隊的審查才能面世；堅持文字思想自由的圖書隊則是唯一能對圖書進行保護的人，所有「禁書」只能在圖書館中擺放。然而，良化隊與圖書隊持續角力，逐漸，由書面抗爭演變成連場戰役，雙方各自發展軍備，各擁大火力槍械，出現了槍戰和流血事件。在這套法則下，女主角笠原郁選擇成為圖書的保護者──然而一切，均源一位圖書隊的白馬王子。 在笠原郁還是中學生的時候，她在書店緊抓一本她期待已久的書，希望它能免於被良化的惡夢。就在她與良化隊員推撞的過程中，一個強大的背影把那本書接過來，宣佈圖書隊正式接管這些圖書，在笠原心中種下了保護文字的豆芽。笠原其後順利成為圖書隊一員，更在機緣下成為了特種部隊──與良化隊正面衝突的隊目。在《圖書館戰爭》的世界觀中，良化隊被允許以武力對圖書館「進行審查」，政府更會批下公文，讓雙方在限時內進行攻防戰。 圖書隊有一限制：他們的武力只能在圖書館中行使。站在不利的環境進行守護，笠原的長官堂上篤堅定地發表宣言：「為了守護自由的未來，我們只有正面迎戰。」──就像他們徽章上的洋甘菊一樣，成為苦難中的力量。不同官階的徽章均有分別。圖書士長以下，圖案是打開的書，意味他們只需盡力守護人民正中閱讀的圖書。圖書正以上，則在未打開的圖書上加上洋甘菊，他們已經走進了苦難的戰場，成為守護圖書的戰力。圖書甚至並未打開，他們所守護的，已經不只是已存在的文字，而是尚未出現的「思想」。 《圖書館戰爭》嘗試為觀眾燃點他們快將熄滅的熱誠，在角色的對白間，使觀眾不由自主地進行思考：如果《圖書館戰爭》真的發生在現實世界，我們會站在哪一方？或許，《圖書館戰爭》是真的話，它也會被列為禁書吧？