Jaffa, leader d'une des organisations extrémistes les plus dangereuses au monde, est arrêté lors du mariage de sa fille. Son adjoint, Nadji Hassan, exige sa libération en échange des passagers d'un Boeing 747 (Vol 343) qu'il a pris en otages. L'avion transporte également un lot de gaz toxique qu'il menace de répandre sur Washington. Le Colonel Austin Travis et son équipe proposent alors d'aborder le vol 343 au moyen d'un avion furtif expérimental et d'y introduire un commando d'élite chargé de neutraliser les terroristes.