德川幕府末期，來自外太空的天人降臨，江戶完全處於他們的統治之下。在此之後，天人文明高度發達，高樓大廈拔地而起，電車電話遍布大街小巷。在這座現代化都市的一隅，平素裡懶洋洋但骨子裡仍秉持著武士之魂的坂田銀時經營著一家接受客人各種委託的萬事屋。在存在感稀薄的志村新八和夜兔族倖存者神樂圍繞下，萬事屋度過繁忙而又麻煩多多的每一天。 某次意外事件，銀時被拋入時空隧道出現在五年後的世界。呈現在他眼前的，是被神秘病毒「白色詛咒」飽經摧殘已成廢墟的江戶。百姓貧困痛苦，攘夷志士策劃向政府發動絕死反攻，社會秩序全面崩潰。在此期間，彷徨無助的銀時邂逅了兩個年輕人，一個是腰別洞爺湖英姿颯爽的眼鏡青年，另一個是帶著巨大的白狗身著華服的冷艷美女，他們竟然是已經成長起來了新八和神樂！更令銀時難以置信的是，他竟親眼目睹刻有自己名字的墓碑！ 過去五年究竟發生了什麼？如何才能改變這個沒有銀時、遍布黑暗與恐怖的未來？