Agentti 47 on geenimanipuloitu ja äärimmilleen viritetty palkkamurhaaja. Tämä huippuyksilö on vuosia kestäneiden testien tulos ja 46 edeltäjänsä klooni, jolle on muodostunut ennennäkemättömät voimat sekä uskomaton nopeus, kestävyys ja älykkyys. Koska hän on klooni, hänelle ei ole tunteita eikä hän sääli ketään. Hänet tunnistaa vain takaraivoon painetusta viivakoodin kahdesta viimeisestä numerosta. Hänen viimeisin kohteensa on jättiyhtiö, joka on aikeissa rakentaa armeijalle vieläkin mahtavampia tappokoneita kuin mitkä hänen kykynsä ovat. Agentti 47 lyöttäytyy yhteen nuoren naisen kanssa, sillä naisella saattaa olla avaimet, millä paljastaa nämä mahtavat salaliittolaiset. Samalla kun Agentti 47 käy taistelua vaarallista vastustajaansa vastaan, hänelle paljastuu karu totuus omasta alkuperästään.