フィフスセクターからの命令により強化合宿へ参加させられた天馬たち雷門イレブンが連れてこられたのは、広大な自然のある謎の島。

ところがそこは、強力なサッカープレイヤー「シード」を生み出すための訓練施設がある島『ゴッドエデン』であった！

そこに現れたのは、白竜率いるシードのチーム「アンリミテッドシャイニング」。

状況を理解する間もなくアンリミテッドシャイニングとの試合が強制的に開始される。シードの圧倒的な強さの前に雷門イレブンは大敗してしまう。

ボロボロに打ちのめされた雷門イレブンが目を覚ますと、行方不明になっていた円堂守の姿があった！

シードとの再戦が決まり特訓が始まる。島のことに詳しい少年・シュウの協力で、メキメキと力を付けていく雷門イレブン。

しかし、シュウにはある秘密があった・・・。

迎えたシードとの再試合。強力な化身を繰り出すシードに苦戦する雷門イレブンは圧倒的不利な状況の中、どう戦うのか！

限界を越えた化身バトルを見せる雷門VS究極のシード軍団。さらに、あの“伝説のイレブン”も復活する。試合はかつてない激闘をみせる中、雷門イレブンの絆“魔帝グリフォン”はシードを打ち砕くことができるか!?