1926年，紐約的魔法世界風起雲湧。多個神秘物體在城中大肆破壞，令魔法界陷入被誓要剷除魔法師的莫魔組織「賽倫第二」發現的危機。而史上最危險的黑巫師蓋勒葛林戴華德在歐洲造成災難性的破壞後，失去蹤影。 剛完成環球之旅的斯卡曼德並未察覺到危機，抵達紐約市。他在旅途中研究並拯救魔法動物，有部分更被收進他看似平平無奇的皮箱，護在隱藏其中的空間。 莫魔雅各科沃斯基意外將斯卡曼德藏在皮箱的怪獸釋放到氣氛緊張的城市中，嚴重違反國際巫師聯合會保密法。前正氣師蒂娜金坦插手事件，意圖恢復職位。可是，事情的進展並不順利，美利堅魔法國會（MACUSA，美國魔法政府機構）高深莫測的魔法安全部部長葛雷夫更將矛頭指向斯卡曼德和蒂娜。 斯卡曼德和蒂娜現在身處同一陣線，與蒂娜的妹妹奎妮、及莫魔朋友雅各攜手，在斯卡曼德走失的怪獸作惡前找回牠們。但事件遠比這四位逃犯想像更凶險，他們捲入黑暗力量，將魔法世界和莫魔逼向開戰邊緣。