Sakura Wars nos sitúa en Japón durante el año 1926, decimoquinto año del reinado del Emperador Taisho. En Tokio, tras un aparente mundo magnífico y brillante, existe una oscura realidad habitada por monstruos mutantes, los Kouma. La lucha contra estos está en manos de las Tropas de Batalla Imperiales. La denominada Teikoku Kagekidan, una organización secreta formada para luchar contra las fuerzas de la oscuridad. Sorprendentemente, sus integrantes son un grupo de encantadoras chicas, que de día, llevan una doble y glamurosa vida como actrices en el teatro de la Opera Imperial...