前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

當麻（戶田惠梨香 飾）與瀨文（加瀨亮 飾）等人聚在總部，苦苦思索著下一步，而外面殘忍屠戮案件四起。看著四周一片悲慘與渾沌，憤怒的當麻再也無法抑制體內被封印的SPEC。她狂亂現身於「御前會議」，於此同時災難相繼在各地爆發，法蒂瑪第三預言不可避免地實現了。瀨文、當麻以及他們的夥伴，成為左右歷史走向的關鍵人物。這一場戰爭究竟是時代的結局，抑或是新的開始…？

Mysteries are revealed like the words "Simple Plan," "Third Secret of Fatima" and also the mysterious white man which are all mentioned in the movie "SPEC: Heaven".

SPEC: Close - Reincarnation est la suite directe de SPEC: Close - Incarnation, le film ayant seulement été coupé en deux parties pour des raisons d'exploitation. Le synopsis ci-dessous contient donc des révélations sur la trame du volet précédent. La mort de Nonomura ne sera pas vaine. Grâce à son sacrifice, Toma commence à comprendre le fonctionnement du Simple Plan et découvre la véritable identité du Professeur J. Mais le temps presse, le Japon et même le monde sont sur le point de s'écrouler. Toma va devoir utiliser ses pouvoirs cachés pour tenter de prendre le dessus lors de son face-à-face avec Sekai.

戦いの中で親しい人を亡くし、自らもシンプルプランのウイルスに感染した当麻。そんな中、彼女は亡き父の親友と言って現われた湯田（とうだ）の名が実は「ゆだ」＝Judahであり、一連の事件を操る謎の人物、プロフェッサーJだと気付く。一方、その湯田は保護されていたSPECホルダーの大人を惨殺し、子どもたちにはウイルスを感染させていた。残酷なやり口に激怒した当麻はついに封印を解き、自らのSPECを発現させる。

스펙처럼 초능력을 가지고 있는 토마. 니노마에의 누나이자 스펙과 경찰 양쪽에 속해 있는 그녀는 자신의 폭주하는 능력을 힘들게 참아낸다. 세부미와 함께 경찰로서 스펙과 맞서려는 토마는 니노마에와의 싸움에서 승리했지만 그 상대가 니노마에 본인이 아니라 클론이라는 사실이 드러나고 그들의 힘겨운 싸움은 계속된다. 대망의 최종장을 목도하라!

Сая Тома — женщина-детектив с IQ 201. Такеру Себуми детектив-карьерист с выдающимся послужным списком. Вместе они отлавливают преступников, обладающих специальными способностями (SPEC), которые сумели ускользнуть от наказания. Тайна раскрывается, когда находят неизвестные тела на крейсере в море. Сая Тома и Такеру Себуми вовлечены в расследование по этому по делу.