6件大範圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。目暮警官以及曾在動畫版出現過的其他警察集合召開搜查會議，小五郎也以特別顧問的身份被邀請前去參加。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，並乘上了保時捷356A-琴酒的車離去！！「黑暗組織」的一員居然潛入了搜查會議，連續殺人事件莫非是「黑暗組織」做下的邪惡勾當？事態一觸即發！！如果讓琴酒知道工藤新一仍然活著，那麼不只新一本人、只要是認識他的所有人也都會被組織極力剷除。所以在明知危機四伏的情況下，柯南仍然開始單獨進行調查，慢慢發現有關北斗七星及北極星的一切過去。