良太一直想要找到一艘船前往南海去尋找失蹤的哥哥彌太，某天良太參加一場比賽，而那場比賽第一名的獎品正是一艘遊艇，但是卻因為報名時間已過而徒勞無功，不過良太卻在因緣際會下結識了市野和仁田，三人一同到港邊去看遊艇，結果在其中一艘遊艇上遇到了搶劫犯吉村，而急著尋找自己兄長的彌太便趁著其他三人熟睡時將遊艇開出，結果在海上遇到暴風雨，遊艇還遭到不明物體的攻擊而沉沒，四人及時逃生而逃過一劫，大難不死的四人漂流到一座島上，在那座島上四人發現了海裡有龍蝦怪獸伊比拉，然後島上有個叫做紅竹的神秘組織，而紅竹似乎在島上進行著一項不為人知的計畫，四人正巧碰上了一位從紅竹手下逃脫的一位女原住民，在那位女原住民的幫助之下四人潛入紅竹的基地，沒想到卻誤觸警報，良太在驚慌之中抓住了一個氣球往天空飄去，其他人為了逃避紅竹的追捕於是逃到了一個山洞，沒想到他們發現了哥吉拉正在那個洞裡面沉睡著...........