La storia sull'origine di Mewtwo è un corto anime di dieci minuti aggiunto all'inizio di Pokémon: Il Film in tutte le messe in onda televisive in Giappone e negli home video giapponesi dal terzo in avanti; la versione del film che contiene questo corto e le modifiche addizionali in CGI sono conosciute come kanzenban (giapponese: 完全版 versione completa) ed è stata mostrata per la prima volta su TV Tokyo l'8 luglio 1999, mentre la prima pubblicazione su VHS è avvenuta il 12 novembre 1999.

Anche se il kanzenban è stato creato per essere usato poi negli Stati Uniti, la versione cinematografica Nord Americana (12 novembre 1999) ha rimosso il corto, usando comunque le scene del kanzenban per il resto del film invece che le scene della versione cinematografica giapponese.