Sur une Terre dévastée, Thomas, à la tête d’un petit groupe de survivants, met tout en œuvre pour trouver un traitement susceptible d’enrayer une épidémie infectieuse qui décime la race humaine, traitement qui consiste en un sérum fabriqué au moyen d’anticorps. Dans son entreprise visant à sauver le monde, le jeune homme peut compter sur l’aide de ses complices Aris, Newt, Brenda et Teresa, qui est devenue employée de l’organisation secrète WCKD.