ซาโตชิ พิคาชู และผองเพื่อนเดินทางมายังปราสทโอลแลนด์เพื่อร่วมงานรำลึกถึงอัศวินคลื่นพลังที่ปราสาทแห่งนี้ ที่นี่ทำให้ซาโตชิได้พบกับเรื่องราวของ อาร่อน อัศวินคลื่นพลังที่หายตัวไปอย่างลึกลับ เหลือเพียงลูคาริโอ้ โปเกมอนคู่ใจที่ถูกสะกดไว้ในคฑาซึ่งซาโตชิได้ปลดปล่อยมันออกมาและเรื่องเลวร้ายก็เกิดขึ้นเมื่อปิ๊กะจูหายตัวไป ทำให้ซาโตชิและเพื่อนๆ ต้องออกตามหาจนรู้ว่าพิคาชูถูกมิว โปเกมอนขี้เล่นพามาที่ต้นไม้ผู้ให้กำเนิดโลกที่ซึ่งมีอันตรายมากมาย ลูคาริโอ้จึงตามมาด้วยจนได้กับความลับของต้นไม้ผู้ให้กำเนิดโลกและดอกไม้แห่งกาล ที่นำพาพวกเขามาพบกับความจริงเรื่องตำนานของมิว และ อาร่อน อัศวินคลื่นพลังผู้เสียสละชีวิตตัวเองเพื่อปกป้องเมืองแห่งนี้