Wzrasta napięcie w stosunkach pomiędzy mutantami, a ludźmi. Do zaostrzenia konfliktu przyczynia się bezprecedensowy atak mutanta na Prezydenta Stanów Zjednoczonych. W jego wyniku Prezydent udziela specjalnych uprawnień generałowi Williamowi Strykerowi (Brian Cox), który wypowiada wojnę mutantom; wojnę, którą przetrwać może tylko jedna rasa... zwycięzców. Xavier (Patrick Stewart), Wolverine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) i inni X-Meni muszą zjednoczyć siły ze swym starym wrogiem – Magneto (Ian McKellen), aby zapobiec niebezpiecznej konfrontacji, która może doprowadzić do zniszczenia wszystkich.