Your Name følger den unge gymnasiepige Mitsuha. Hun er træt af at bo på landet og ønsker inderligt, at hun var en flot dreng fra Tokyo. Det ønske går på magisk vis i opfyldelse, og i bedste Freaky Friday-stil bytter hun krop med drengen Taki, som går på gymnasiet i Tokyo.

Sådan bytter de tilværelse frem og tilbage, og med tiden lærer de at kommunikere med hinanden ved at efterlade sedler og beskeder på hinandens mobiltelefoner. De to teenagere ender med at hjælpe hinanden gennem deres unikke egenskab. Mitsuha hjælper Taki med hans kærlighedsliv, og Taki gør Mitsuha bedre i skolen.