研修旅行でグンマメトロポリスに来ていたミルキィホームズの4人、猿たちに囲まれ温泉につかり、のんびりしているところに警報が鳴り響く！怪盗帝国の4人が宝を狙ってやってきたのだ。

ミルキィホームズVS怪盗帝国、双方トイズをフルに使っての激しいバトルが繰り広げられる！

さらにGenius4の面々も駆けつけ、三つ巴の激闘に発展！だが、その大激闘の最中に、上空から激しい雷が!!

被雷したミルキィホームズの4人はまたしてもトイズを失ってしまう・・・。 トイズを失ったまま、偵都ヨコハマに戻ったミルキィホームズたちはある事件に遭遇する。それは安っぽい宝石ばかり狙う怪盗の出現。怪盗の真の狙いはホームズがヨコハマに残した「敗者復活の宝石」だとわかり・・・。謎の「敗者復活の宝石」をめぐり、ミルキィホームズ、G4、怪盗帝国が終結！偵都ヨコハマ史上、最強の怪盗に立ち向かう！