The NPS (National Police Safety Rescue), whose purpose is to catch extreme criminals alive, becomes the center of attention. A sit-in demonstration takes place. Members of the NPS, including Ichigo Kamikura (Osamu Mukai) go to the protest site. Meanwhile, a transport ship is hijacked in the Pacific Ocean.

Le NPS (National Police Safety Rescue), dont le but est d'attraper vivants les criminels les plus dangereux, devient le centre d'attention du public. Un sit-in de démonstration a lieu et les membres du NPS, dont Ichigo Kamikura, se rendent sur le site. Pendant ce temps, un navire de transport est détourné dans l'océan Pacifique.

「第3のS」として新設された警察庁特殊急襲捜査班「NPS」（National Police Safetyrescue）。既にある「SAT」の機動力と「SIT」の捜査力を併せ持ち、犯人の生死を問わない「制圧」ではなく、生かしたまま捕らえる「確保」を目的とした彼らは、発足以降数々のテロ事件や捜査で実績を積みあげ、日本の治安を守る新たな砦として注目を集めていた。普段と変わらない生活をおくる人々。揺らぐことのない平穏。 その日常を切り裂くかのように、突如、バスジャック事件が発生。 出動要請を受けて現場に急行する神御蔵一號をはじめとしたNPS。だが、犯人からの要求は未だになく、メンバーは現場の状況に違和感を覚えるのであった。そんな中、太平洋沖で巨大な輸送船も何者かによって乗っ取られる緊急事態が！　積載した貨物は日本全土を燃やし尽くすほどの核燃料。一体、誰が何のために?!未曾有の事態に備え、緊急招集された首相はじめ閣僚が集まる官邸へ犯人と名乗る男から電話が入る。「裸で私はこの世に来た。裸で私はこの世から出ていかなければならない」スピーカーから響きわたるのは、あの因縁の男の声だった……。進み始めた日本壊滅へのカウントダウン。第4の「S」、海神（ポセイドン）こと海上保安庁所属特殊警備隊「SST」との共闘！この国の、そして、愛する人との未来を取り戻すため、「S」最後の作戦が、いま始まる。

권투 선수를 그만두고 경찰이 된 이치고(무카이 오사무)와 대단한 솜씨의 저격수 이오리(아야노 고)가 속한 경찰청 특별수사팀 NPS. 버스 납치 사건으로 난리통을 겪는 와중에 핵연료가 적재된 유조선이 피랍된다. 이 사건들을 해결하기 위해 NPS팀은 마지막 해상 작전을 펼친다.

在警界被称为“第3个S”的警察厅特殊急袭搜查组（NPS），是继特殊急袭部队（SIT）和特殊搜查班（SAT）之后的第三支警察特殊部队。NPS兼具SAT的机动性和SIT的搜查权，其与两者最大的区别就是在平息各种骚乱和暴恐活动的同时，以“逮捕”为目标，最大限度确保犯罪嫌疑人的生命安全。 NPS诞生之初，曾遭到SIT以及警界部分要员的反对，但是在队长香椎秀树（大森南朋 饰）的高效指挥下，该部队一次次出色完成任务，逐渐确立了自己在警界不可撼动的重要位置。希望凭借双手保护所有人的热血警察神御藏一号（向井理 饰）以及曾经贵为SIT头号狙击手的苏我伊织（绫野刚 饰）先后加入NPS，性格截然不同且理念根本相违的二人在接二连三的战斗中不断成长起来，并培养出生死与共的信赖和默契。 在三支精英部队的守护下，日本民众安享太平，乐而忘忧。某天，东京都发生一起巴士劫持事件，神御藏和战友们接到报警后迅速赶往现场。不过与以往同类事件略有不同的是，巴士劫匪沉默不语，始终不曾提出任何要求。与此同时，行驶在太平洋上的一艘大型货轮也遭到劫持。更令人坐立不安的是，货轮上满载着足以炸毁全日本的核燃料！ 这一消息在日本高层引起轰动，政要贵胄云集首相府邸，共商对策。就在此时，一个熟悉的声音主动致电首相府，对方宣称“我赤条条来到世间，仍将赤条条离去！”在此之后，毁灭全日本的计划进入倒计时，事态空前危急。为了保卫这个国家，守护一亿两千万人的未来，NPS与宿命的对手展开了争分夺秒的搏斗…

為了應對越來越複雜的恐怖行動，日本警方成立了獨立於特殊急襲部隊（SIT）和特殊搜查班（SAT）之外的“第3個S”——警察廳特殊急襲搜查組（NPS ）。NPS以逮捕嫌疑人為立足點，在平息暴亂的同時，最大限度保證嫌疑人的安全。由於這個奇怪的特性，因此NPS從成立之初就和SIT等兄弟部隊多有齟齬。當然在歷次行動過程中，熱血警察神禦藏一號（向井理飾）和從SIT轉來的頭號狙擊手蘇我伊織（綾野剛飾）培養出別樣的友情。某日，東京發生巴士劫持事件，神禦藏和夥伴們立刻出擊，然而劫匪的行為舉止甚為怪異。與此同時，一艘裝載著足以炸毀日本的核燃料的貨輪遭到劫持。空前的危機考驗著NPS的各位……