ซาโตชิ ได้พบกับโปเกมอนมายา โวลเคเนียน ซึ่งตกลงมาจากฟากฟ้า และมีโซ่ซึ่งมีพลังลึกลับบางอย่างที่ทำให้ทั้งคู่แยกจากกันไม่ได้ โวลเคเนียนซึ่งมีความชิงชังมนุษย์ในมนุษย์มากนั้นพยายามทุกวิถีทางที่จะผละออกจากซาโตชิให้ได้ แต่เหมือนพลังลึกลับนี้ต้องการให้ซาโตชิและโวลเคเนียนร่วมมือกันในภารกิจบางอย่าง ในที่สุดทั้งคู่ก็มาถึงเมืองแห่งฟันเฟืองและเกียร์ “ราชอาณาจักรแอซซอธ” ที่ซึ่ง รมต.ขี้ฉ้อ “จาวิส”ได้ขโมยสุดยอดสิ่งประดิษฐ์ “โปเกมอนจักรกล มาเกียนา” ซึ่งถูกสร้างขึ้นตั้งแต่ 500 ปีก่อนมาเป็นของตน เขาวางแผนที่จะใช้พลังโบราณ “โซลฮาร์ท” ของมาเกียนาเพื่อยึดครองอาณาจักรจักรกล ซาโตชิและโวลเคเนียนจะช่วยมาเกียนาและขัดขวางแผนร้ายในครังนี้ได้หรือไม่? ศึกครั้งใหญ่ในประวัติศาสตร์โปเกมอนกำลังจะระเบิดขึ้นแล้ว