보석 도둑에게 빙의한 이매진을 쫓다가 과거의 세계로 날아가버린 료타로 일행. 하지만 그것은 덴라이너를 뺏기위해 파놓은 함정이었다. 주모자는 시간의 열차만을 노리는 강도 집단의 수장 가오. 그는 "신의 노선"을 달리며 모든 시간을 지배할 수 있는 '신의 열차'를 손에 넣기 위해 오더들을 인질로 덴라이너를 과거로 향하게 한다.

남겨진 료타로와 하나에게 덴라이너로부터 탈출한 모모타로스가 합류하지만 료타로는 가오의 발길질에 당한 충격으로 덴오에 관한 기억을 잃어버린 상태. 이때 11살의 료타로가 지크와 함께 나타난다. 작은 료타로는 시간을 뛰어넘는 열차에 타고 싶다는 이유로 료타로들과 행동을 함께하기로 한다. 사쿠라이 유토의 도움을 받아 제로라이너로 가오의 뒤를 쫓는 일행. 여러 시대를 뛰어넘어, 료타로 일행이 덴라이너를 발견한 것은 에도시대 초기의 '오사카의 난' 시기. 그곳에서 가오는 신의 노선에 가기위한 최후의 봉인을 풀려고 하고 있었다.