15年前，貨輪「第一八代丸」在北太平洋海上撞上冰山發生沉沒事故。沖田船長與三等航海士2人身亡。且在半個月前，八代造船的的船舶設計人八代英人在駕駛時心臟病發，墜落懸崖身亡。不同年代的2個事件，是將豪華客船的乘務員與乘客捲入巨大陰謀的序章。 由於園子的邀請，柯南一行人受邀參與豪華客船「愛芙羅黛蒂號」的處女航儀式。一行人開心的參觀郵輪。一行人開始在船內玩起捉迷藏。可是在捉迷藏進行中時，園子突然被人綁架監禁了起來。透過柯南的推理，平安地救出了園子。但這次，八代造船的社長——八代貴江被人刺殺，會長八代延太郎也失去下落。目暮警官們抵達後開始了搜查，不過嫌疑犯包含乘務員與乘客等多達600名。但搜查勢在必行。 另一方面，佐藤警官們認為八代英人的死亡事故疑點重重，重啟搜查。她查覺到座椅安全帶的金屬零件有可疑的痕跡。繼續搜查的柯南一行人，推斷出延太郎極有可能被從繫船池的升降口推入海中的事實。不久之後，海上保安廳發現了漂浮在海中的延太郎的遺體。另一方面，柯南與警察們各自展開了獨自的搜查。 持續搜查事件真相的柯南，在歡迎派對上藉由阿笠博士的聲音展開推理。直指犯人真實身分，推翻不在場證明的詭計，揭露證據。但犯人預先在機械室安置了炸彈，並趁亂逃走。柯南與少年偵探團在緊追過後抓到了犯人，不過愛芙羅黛蒂號不斷發生爆炸，船的沉沒迫在眉睫，小蘭卻不小心被遺留在船上。且雖然事件被解決了，但其實背後還有更大的陰謀隱瞞著。小五郎留在愛芙羅帶蒂號與真兇對峙。柯南也查覺到嫌犯另有其人獨自前往。到底這兩位偵探，能不能解決事件且救出小蘭！？