La història comença en una sala de música on una dona està observant a dos homes durant una pràctica. Ella envia un missatge amb el seu telèfon mòbil i just després hi ha una explosió. Altres músics són assassinats i el culpable deixa al costat de les seves víctimes les parts d'una flauta (peu, cos i cap). Es descobreix que totes les víctimes eren membres de la mateixa acadèmia musical. En Conan i els altres coneixen a la famosa soprano Reiko Akiba, qui és assetjada per algú, i se sospita que pot ser la mateixa persona que va assassinar als altres musics. Durant el concert succeeixen un seguit de sobtades i enormes explosions, però a dins ningú se n'ha adonat de res.