最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝著柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前遭到某人襲擊而失去了意識，但小蘭等人卻完全不知道這件事，仍繼續朝著會場走去。不久，這場音樂會終於開始了……突然間，外面的大廳發生大爆炸，使得周圍陷入了一片火海。不過，由於音樂廳內部並沒有受損，而且是在完全的隔音狀態下，因此場內的觀眾完全沒有察覺到爆炸的發生，音樂會也就繼續進行著。即使如此，音樂廳外部的爆炸仍持續不斷發生，包含小蘭、灰原與少年偵探團等1000名以上的觀眾，就這樣不知不覺中被困在音樂廳內部而成為人質。 此時，小蘭察覺到了一件事。她發現現場演奏的旋律，是她和新一就讀國中時曾經聽過的旋律。這首曲子是否就是破解事件真相的關鍵？柯南在醒來後，也隨即趕去尋找小蘭。柯南能否順利解救小蘭等人脫困？而在這道旋律的背後，又到底隱藏著什麼樣的真相呢？