C.E.(Cosmic Era)70년, ‘피의 발렌타인’의 비극으로부터 시작된 무력충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이후 플랜트로의 이주를 앞두고 오브의 수장 카가리 유라 아스하의 결혼 소식을 듣게 된 키라 야마토는 마침내 결단을 내린다. 결혼식 당일, 아스란 자라에 대한 생각을 떨쳐내지 못하고 망설이는 카가리의 앞에 프리덤 건담이 나타나는데…

Film 2 de la serie Mobile Suit Gundam SEED. Rappel : Ère Cosmique année 71. Voilà un an et demi que la guerre a commencé entre les Naturels et les Coordinateurs, et les conflits n'ont cessé de s'aggraver. Sur Heliopolis, une colonie spatiale neutre, Kira Yamato, un jeune Coordinateur, et ses amis semblent vivre des jours heureux loin de ces tensions… Cependant, des prototypes secrets de Mobile Suit appartenant l'Alliance terrienne sont développés sur cette colonie, et ZAFT, l'armée des Coordinateurs, ne compte pas se laisser faire… Kira, sans le vouloir, parviendra-t-il à prendre en main le GAT-X105 Strike ? et surtout à faire face à son meilleur ami, Asran Zala, qu'il a perdu de vue et qui s'est depuis engagé dans l'armée ennemie ?

De Minerva meert aan bij een ZAFT-basis, waar ze worden opgewacht door voorzitter Durandal. Tijdens een rustig diner praat hij met Athrun, Shinn en andere leden van de bemanning. Dit gesprek brengt Shinn ertoe na te denken over het verleden en de gebeurtenissen die hen hebben gebracht waar ze nu zijn. Maar begrip brengt geen vrede, en na nog een ruzie met enkele van zijn scheepsmaten gaat Shinn aan land om zijn hoofd leeg te maken. Daar ontmoet hij een mooi meisje en ziet haar in de oceaan vallen. Hij duikt erin om haar te redden, en moet op zijn beurt wachten om gered te worden. Ondertussen verzamelen de Alliantietroepen zich, samen met hun Orb-bondgenoten, om een ​​aanval op ZAFT te lanceren. De Minerva bereidt zich voor op de strijd. Maar onbekend aan beide kanten, ver onder de golven, gaat een andere groep proberen een einde te maken aan de gevechten.

The Minerva docks at a ZAFT base, where they are met by Chairman Durandal. Over a quiet dinner, he talks with Athrun, Shinn and other members of the crew. This conversation leads Shinn to reflect on the past, and the events that brought them to where they are now. But understanding does not bring peace, and after another argument with some of his shipmates, Shinn heads ashore to clear his head. There he meets a beautiful girl, and watches her fall into the ocean. He dives in to rescue her, and in turn then must wait to be rescued. Meanwhile, the Alliance Forces gather, along with their Orb Allies, to launch an attack on ZAFT. The Minerva scrambles and prepares for battle. But unknown to either side, far beneath the waves, another group is going to try to put an end to the fighting.

ザフトに復帰したアスランは、FAITH(フェイス)としてミネルバに乗艦した。黒海沿岸でつかの間の休息をとっている中、シンはステラと偶然出会う。一方、アスランもミリアリアの助力で、キラやカガリと再会を果たすが…。PHASE-14〜28までで構成された「SEED DESTINY」再編集の第2弾！