Agent J har sett en del uforklarlige ting i sine 15 år med mennene i svart, men ingenting - ikke engang romvesener - forvirrer ham like mye som hans ironiske og tilbakeholdne partner gjør. Men når livet til K og hele planetens skjebne settes på spill, må J reise tilbake i tid for å ordne opp. Han oppdager at det finnes hemmeligheter i universet som K aldri fortalte ham om - hemmeligheter som vil bli avslørt når han slår seg sammen med den unge utgaven av agent K for å redde partneren, byrået og hele menneskehetens fremtid.