Filmo „Kiškių mokykla” pagrindinis herojus jaunasis kiškutis Maksas, atsitiktinai patenka iš pirmo žvilgsnio į keistokai senamadišką „Kiškių mokyklą“. Išdykėliui ir padaužai Maksui buvimas šioje mokykloje tampa tikra kankyne ir rimtu išbandymu ir viskas apie ką jis svajoja, tai kuo greičiau ištrūkti iš jos ir sugrįžti į namus. Tačiau, netrukus po pažinties su išmintinga ir paslaptinga kiškių mokyklos mokytoja Madam Hermonia ir kiškute Emi, netikėtai pasikeičia ir Makso planai. Jis sužino labai paslaptingą ir svarbią „Kiškių mokyklos“ paslaptį, kuri slepia artefaktą ir vadinasi ji - „Auksinis kiaušinis“.

Šią paslaptį žino ir nenaudėlių Lapinų šeimynėlė, kuri jau ilgą laiką bando nugvelbti tą vienintelį „Auksinį kiaušinį“. Jeigu jie įgyvendins savo sumanytą planą…