In 1690 zijn er jaren verstreken sinds Captain Blood gratie kreeg van de Kroon voor zijn gedurfde daden tegen de Spanjaarden aan de Spaanse Main, en hij leeft rustig op zijn plantage in West-Indië, oefent geneeskunde uit en plant zijn huwelijk met Isabella. Maar zijn vredige bestaan ​​wordt verstoord wanneer Hilary Evans arriveert en hem arresteert op beschuldiging van piraterij. Iemand heeft de eilanden overvallen en het lijkt erop dat het Captain Blood was. Om zijn onschuld te bewijzen moet kapitein Blood opnieuw onder de 'Jolly Roger' varen.