时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球……

The anime's story is set in the year 2202, three years after the Yamato's return from the planet Iscandar. The people of Earth restored their planet with the Cosmo Reverse System, and they signed a peace treaty with Garmillas. In addition to reconstruction, Earth developed a new defense fleet that includes the state-of-the-art battleship Andromeda. The Earth goes down a path of military expansion, despite Starsha Iscandar's wishes. The Yamato helps accomplish this so-called peace, but it comes at the price of many invaluable sacrifices. The goddess Teresa, who prays for tranquility in space, calls the Yamato to a new voyage. The threat of Gatlantis is sweeping over the universe and approaching Earth.

2202, trois ans après la bataille contre les Gamilas, le système solaire est de nouveau en paix et la Terre a été restaurée grâce au dispositif donné par Starsha Iscandar. Un traité de paix a officialisé la fin de la guerre entre la Terre et Gamilas qui s'allient pour former une force armée intergalactique avec comme nouveau navire amiral, l'Andromeda, symbole de cette puissance militaire construit malgré les vœux de paix de Starsha Iscandar. Mais quand une nouvelle puissance, le peuple Gatlantis, commence à faire des ravages et veut conquérir l'univers, Teresa, une femme ayant d'étonnants pouvoirs, fait appel au cuirassé Yamato commandé par Susumu Kodai pour riposter à la nouvelle menace.

アニメ『宇宙戦艦ヤマト』のリメイク作品である『宇宙戦艦ヤマト2199』の続編。『2199』から始まるリメイク版アニメシリーズ作品としては４作目、「宇宙戦艦ヤマトシリーズ」全体では総集編を含めると１８作目に当たる。 劇場アニメ『さらば宇宙戦艦ヤマト 愛の戦士たち』およびテレビアニメ『宇宙戦艦ヤマト2』のリメイクに相当する（作品タイトルロゴのうち「2202」の末尾（一の位）の「2」が他の桁の数字より大きく描かれているのもこのため）。

때로는 서기 2202년.그 장대한 편도 16만8000광년에 달하는 의자 캔 달에게의 대항해로부터 우주 전함 야마토가 귀환하고, 이미 2년--.

〈코스모 리버스·시스템〉에 의해 이전의 푸른 모습을 되찾은 지구는, 가미라스 제국과도 평화 조약을 체결.

부흥의 한편, 방위 때문에 최신예 전함 안드로메다를 포함한 신예 함대의 정비가 진행되고 있었다.

의자 캔 달의 스타 샤의 소원도 허무하고, 지구는 군비 확장으로의 길을 걷기 시작하고 있던 것이다.

과연 이것이, 둘도 없는 수많은 희생의 끝에 야마토가 완수한, 진정한 평화인 것인가?

우주의 평온을 바라는 여신 테레사의 기도가, 야마토를 새로운 항해에 권한다.지금, 우주를 석권하는 가트란티스의 위협이, 지구에 가까워지고 있었던--.

Het verhaal van de anime speelt zich af in het jaar 2202, drie jaar na de terugkeer van de Yamato van de planeet Iscandar. De mensen op aarde herstelden hun planeet met het Cosmo Reverse System en tekenden een vredesverdrag met Garmillas. Naast de wederopbouw heeft de aarde een nieuwe verdedigingsvloot ontwikkeld, waaronder het ultramoderne slagschip Andromeda. De aarde bewandelt een pad van militaire expansie, ondanks de wensen van Starsha Iscandar. De Yamato helpt deze zogenaamde vrede te verwezenlijken, maar dit gaat ten koste van vele onschatbare offers. De godin Teresa, die bidt voor rust in de ruimte, roept de Yamato op voor een nieuwe reis. De dreiging van Gatlantis raast over het universum en nadert de aarde.

A história do anime é ambientada no ano de 2202, três anos após o retorno do Yamato do planeta Iscandar. As pessoas da Terra restauraram seu planeta com o Cosmo Reverse System e assinaram um tratado de paz com Garmillas. Além da reconstrução, a Terra desenvolveu uma nova frota de defesa que inclui o state-of-the-art do navio de guerra Andrômeda. A Terra segue um caminho de expansão militar, apesar dos desejos de Starsha Iscandar. O Yamato ajuda a realizar essa chamada paz, mas tem o preço de muitos sacrifícios inestimáveis. A deusa Teresa, que reza pela tranqüilidade no espaço, chama os Yamato para uma nova viagem. A ameaça de Gatlantis está varrendo o universo e se aproximando da Terra.

Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня Тереза, которая молится за спокойствие в космосе, призывает «Ямато» к новому плаванию. Угроза со стороны Гатлантиса охватывает всю вселенную и приближается к Земле.

La historia ocurre en un futuro lejano, en el año 2199 la Tierra fue bombardeada por asteroides radiactivos provenientes del planeta Gamilus, por lo que la humanidad se encuentra en peligro de extinción. En la órbita de Marte, los cadetes Kodai Susumu y Shima Daisuke encuentran una nave espacial accidentada que contiene un mensaje de la reina del planeta Iscandar, en la que ofrece su ayuda a los habitantes de la Tierra proporcionándoles un plano para la construcción de un motor que les permitirá viajar más rápido que la luz y así poder alcanzar, en menos de un año, el sistema Sunzar, donde se encuentra el planeta Iscandar. En ese planeta, los humanos tendrán acceso al limpiador de cosmos, que eliminará la radiación de la Tierra y restaurará el planeta en poco tiempo. El motor es contruído e instalado en el acorazado Yamato, lo que iniciará el viaje lleno de contratiempos.