En un període Edo alternatiu en el qual el Japó ha estat envaït per alienígenes i el Shogun ha prohibit a tots els samurais l'ús d'espases. Gintoki és un mercenari que busca sobreviure fent qualsevol feina que se li demani amb els seus dos inseparables amics Shinpachi i Kagura. Aviat descobriran que una terrible amenaça s'abat sobre tot el país quan una mística espasa de poder inigualable cau en mans d'un home amb un únic objectiu: dominar el món.